仅在穗部发生。病菌侵入谷粒后，在颖壳内形成菌丝块，破坏病粒内部组织后，菌丝块逐渐增大，先从内、外颖壳合缝处露出淡黄绿色块状的孢子座，后转变成墨绿色或橄榄色，包裹颖壳，近球形，体积可达健粒数倍。发病后期，有的孢子座两侧可生2-4粒黑色、稍偏平、硬质的菌核。菌核易脱落在田间越冬。
(1)农业防治：
①选用抗病品种。
②避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。
③改进施肥技术，基肥要足，慎用穗肥，采用配方施肥。浅水勤灌，后期见干见湿。
(2)药剂防治：在始穗前5-7天亩用三唑酮乳油100毫升/亩，喷雾；或75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂13-15毫升/亩，喷雾。29%戊唑·嘧菌酯悬浮剂30-40毫升/亩，兑水30公斤喷雾。
主要侵染源是落在田间的稻曲球和稻曲球厚垣孢子。稻曲球和厚垣孢子在稻田土中越冬，存活期可达5年以上。翌年，在水稻孕穗初期至齐穗期萌发，侵染稻穗造成发病。
(1)品种因素。抽穗晚、梗粒数多、抽穗慢、抽穗期长的品种，发病重。
(2)气候因素：抽穗扬花时遇多雨、低温，特别是连阴雨天气，发生重。
(3)栽培因素。偏施氮肥，穗肥用量过多，田间郁蔽严重，通风透光差，相对湿度高，发病重。淹水、串灌漫灌是导致稻曲病传播的重要原因。
