病菌从幼苗基部侵入，引致茎基腐烂呈立枯状枯死或猝倒。嫩梢发病，整条嫩梢变成深褐色而枯死。嫩叶发病，初为暗绿色水渍状小斑，后迅速扩大成灰绿色或黑褐色的近圆形或不规则形病斑。病部长出白色的霉层，为病原菌的孢囊梗及孢子囊。
(1)农业措施：选择地势较高，土质疏松，排灌方便的水稻田作苗圃，同时，育苗地应实行轮换栽苗，苗圃整地要细致，基肥应充分腐熟。营养筒育苗，基料配制应合理，原料应先行堆沤充分腐熟，已经使用过的旧基料，尤其是曾发生过苗疫病的旧基料，禁止再用，以免土壤带菌；加强管理，播种和移植不能过密，保持通透性良好。雨季应保持排水畅通。追肥应薄施，以水肥为主，肥料充分沤熟。发病季节常检查，随时清除病株，集中烧毁。
(2)化学防治：清除病株后应及时喷施药剂1次，以后每隔10-12天再喷1次，共喷2、3次。有效的药剂有：90％乙磷铝可湿性粉剂500倍液，0.5％等量式波尔多液或80％代森锰锌可湿性粉剂600倍液等。
病菌以菌丝体在病组织内越冬，土壤中卵孢子也可越冬。在次年环境条件适宜时，即形成孢子囊，经风雨传播，萌发侵入后引起发病，并循环侵染。此病在适温、高湿的条件下发生严重，而湿度影响最大。在春天，湿度大的条件下，病害发生早且严重。大棚内营养筒育苗，密度大，通透性差，湿度大，常严重发病。
