小麦茎基腐病被称为小麦的“癌症”，该病一旦发生，可使小麦分蘖减少、植株矮弱、穗粒数减少、粒质量降低，并易形成白穗，基本无产量。小麦茎基腐病的田间症状主要包括烂种和死苗、茎基部褐变、白穗三大类，病害田间症状发生始期在4月上中旬，植株表现叶尖变黄、植株枯死、白穗现象，枯死植株叶鞘基本正常，叶鞘无云纹状斑块，茎秆基部第一和第二节变褐、腐烂，发病部位有白色或红色粉状物，剖开叶鞘内部有灰白色菌丝充满。
(1)农业防治：不同品种的小麦具有不同的茎基腐病抗病能力，应根据土壤肥水条件、播期、茬口安排、管理水平合理选择，避免选用不抗倒春寒的半春性及春性品种；进行合理的轮作与倒茬，可将小麦与油菜、棉花、豆类、蔬菜等双子叶作物进行轮作、倒茬，一般2～3年进行1次；控制小麦的播期与播量，进行壮苗培育，以减少冬前小麦茎基腐病病原菌侵染的机会；加深耕层，在前茬作物收获后，及时深耕25~30cm，进行精耕细耙以提高整地质量；科学施肥与适时浇水，以增强小麦植株的抗病能力，从而达到防治小麦茎基腐病的目的；对于零星发病麦田，可将患小麦茎基腐病的植株带出并进行集中销毁。对于发病严重的麦田，秸秆不能直接还田，应进行过腹还田或堆沤还田，从而减少土壤中的小麦茎基腐病病原菌数量。
(2)化学防治：可使用3%苯醚甲环唑、25g/L咯菌腈或2%戊唑醇悬浮种衣剂进行种子包衣或拌种，以减轻小麦茎基腐病病害的发生；对于小麦茎基腐病发病严重的麦田，在进行整地时可使用三唑酮颗粒剂或50%多菌灵可湿性粉剂处理土壤，以消灭土壤中的小麦茎基腐病病原菌；对于年前已经发病的麦田，应在翌年小麦返青至拔节期间，结合喷施1～2次可防治纹枯病等病害的井冈霉素、戊唑醇、烯唑醇或50%多菌灵进行防治，在喷施过程中药液应重点喷在小麦的茎基部；在小麦抽穗扬花期，加施1次可防治赤霉病、白粉病、蚜虫等病虫害的药剂进行综合防治。
影响发病的因素包括小麦品种、种植方式、耕作制度、气候条件和土肥状况：
(1)半春性及春性品种小麦在春季拔节较早，若此时遇到低温寒流天气，小麦嫩茎容易受冻，导致其抗病能力下降，从而有利于茎基腐病的发生。播种早、播量大、播种深的麦田田间通风透光不良，也会导致小麦茎基腐病的发病概率增大，病株率升高。此外，连作或连年将病害秸秆直接还田也会使土壤中的菌源逐年增加，为病害的侵染循环创造有利条件，使麦田的发病严重。
(2)温度的高低和降水量的大小都会影响小麦茎基腐病发生的速度。当遇到干旱、阴冷、秋冬寡照、春季阶段性温度变化剧烈等情况时，小麦的生长受到影响，更容易受到病原菌侵害。因此，若小麦在冬春遭遇干旱或倒春寒，麦田中小麦茎基腐病的发病就严重。此外，小麦茎基腐病的病原菌喜高湿度，若土壤湿度过高便容易发病。一般情况下，黏土地、地势低洼和排水不良的麦田小麦茎基腐病的发病较严重。在小麦种植过程中若出现氮肥施用过多、种植土质贫瘠或肥水不足等也会进一步加重小麦茎基腐病的发生。
