仅在抽穗扬花期显症，侵染穗部颖壳。发病初期，上部小穗颖壳尖端或侧面产生椭圆形小斑点，后逐渐扩大至谷粒大部或全部。病斑初期为铁锈红，逐渐变为黄褐色、褐色，水稻成熟时变为黑褐色，局部病穗有白色的霉层。发病早而重的稻穗不能结实，发病迟的则影响谷粒灌浆充实，千粒重明显降低。
(1)农业防治：①处理田间瘪谷，最好烧作灰肥以减少病菌来源。 ②加强肥水管理，避免偏施过施迟施氮肥，增施磷钾肥；适时适度露晒田使植株转色正常，稳健生长延长根系活力防止倒伏。
(2)化学防治：①种子处理：播种前可以1%石灰水浸种消毒。 ②药剂防治：选用50%多菌灵或70%甲基托布津，在始穗和齐穗期各喷一次，必要时在灌浆乳熟前加喷一次。另外根据天气预报掌握抽穗前风雨到来前或后喷药1次，可减轻发病。
病菌以菌丝体在病残体如稻桩或种子内越冬或越夏；靠气流传播进行初侵染，分生孢子靠雨水传播再侵染。主要在水稻孕穗后期-抽穗扬花期侵染，灌浆-黄熟期均可显症。如此时期遇上适宜病害发生的气候条件(高温25-33oC、阴雨高湿)，则有利病害蔓延流行，危害加重。采用密植、直播、抛秧等栽培方式有利于穗腐病的发生。
